Η Σχολή συστεγάζεται με το Οικοτροφείο σε ιδιόκτητα κτίρια, που ανήκουν στο Υπουργείο Παιδείας και Θρησκευμάτων και βρίσκεται σε μια πανοραμική θέση, μεταξύ Χώρας και Σκάλας, λίγο πιο πάνω από το Ιερό Σπήλαιο της Αποκαλύψεως.
Yπάγεται στη Διεύθυνση Θρησκευτικής Εκπαίδευσης και Διαθρησκευτικών Σχέσεων του Υπουργείου Παιδείας και Θρησκευμάτων και λειτουργεί ως Πρότυπο Εκκλησιαστικό Γυμνάσιο και Γενικό Εκκλησιαστικό Λύκειο. Σύμφωνα με τον ν.4823/2021, οι υποψήφιοι μαθητές για την Α’ Γυμνασίου και Α’ Λυκείου των Εκκλησιαστικών Λυκείων εγγράφονται σε αυτά μετά από εισαγωγικές εξετάσεις στα Θρησκευτικά, στη Γλώσσα και στα Μαθηματικά.
Οι μαθητές προέρχονται από την Πάτμο και από διάφορα μέρη της Ελλάδος. Πλέον παρέχεται η δυνατότητα φοίτησης στην Εκκλησιαστική Εκπαίδευση και σε μαθήτριες.
Η Σχολή διαθέτει πληθώρα αιθουσών διδασκαλίας: αίθουσα Βυζαντινής Μουσικής, αίθουσα πολλαπλών χρήσεων, εργαστήριο Φυσικών Επιστημών, αίθουσα Πληροφορικής και σύγχρονη Βιβλιοθήκη με δέκα χιλιάδες περίπου βιβλία η οποία λειτουργεί και ως δανειστική για το κοινό της Πάτμου.
Ο ειδικός σκοπός των Εκκλησιαστικών Σχολείων είναι οι μαθητές/μαθήτριες που φοιτούν σε αυτά να εμβαθύνουν στην εκκλησιαστική, πνευματική και πολιτισμική παράδοση της, κατά το άρθρο 3 του Συντάγματος, Ανατολικής Ορθόδοξης Εκκλησίας του Χριστού. Οι επιμέρους στόχοι των Ε.Σ. είναι οι μαθητές/μαθήτριες να: «α) οικοδομούν ένα ολοκληρωμένο μορφωτικό πλαίσιο, πεδίο γνώσης και κατανόησης της Ορθοδοξίας, ως εκκλησιαστικής, πνευματικής και πολιτισμικής παράδοσης, καθώς επίσης της θέσης και της αποστολής της στον σύγχρονο κόσμο, β) διερευνούν τις κύριες πτυχές της εκκλησιαστικής διδασκαλίας, λατρείας, πνευματικότητας, τέχνης, παράδοσης και ζωής και να ευαισθητοποιούνται ως προς τη σύγχρονη δυναμική τους, γ) κατανοούν την ανάγκη για αλληλοσεβασμό και διάλογο μεταξύ διαφορετικών θρησκευτικών κοινοτήτων και παραδόσεων προς όφελος της κοινωνικής και θρησκευτικής ειρήνης και δ) εμπεδώνουν την ανάγκη για την προστασία του φυσικού και πολιτιστικού περιβάλλοντος.» Ταυτόχρονα, τα Εκκλησιαστικά Σχολεία παρέχουν και τη γενική Δευτεροβάθμια Εκπαίδευση. Για το λόγο αυτό, τα Εκκλησιαστικά Γυμνάσια και τα Γενικά Εκκλησιαστικά Λύκεια ακολουθούν το αναλυτικό και ωρολόγιο πρόγραμμα της δημόσιας Γενικής Δευτεροβάθμιας Εκπαίδευσης, όπως αυτό τροποποιείται με απόφαση του Υπουργού Παιδείας και Θρησκευμάτων, ενώ στα Γενικά Εκκλησιαστικά Λύκεια λειτουργούν υποχρεωτικά όλες οι Ομάδες Μαθημάτων Προσανατολισμού.
Η διάρκεια της φοίτησης στα Εκκλησιαστικά Γυμνάσια και Γενικά Εκκλησιαστικά Λύκεια είναι ίδια με τη διάρκεια φοίτησης στα Γυμνάσια και τα Γενικά Λύκεια της Δευτεροβάθμιας εκπαίδευσης.
Οι μαθητές/τριες των Εκκλησιαστικών Σχολείων (Ε.Σ.) δικαιούνται τις παροχές και τις διευκολύνσεις, που προβλέπονται από τις κείμενες διατάξεις για τους μαθητές/τριες της δημόσιας Δευτεροβάθμιας εκπαίδευσης, (χορήγηση δωρεάν διδακτικών βιβλίων, βοηθημάτων, μετακινήσεις), ενώ μέσω της διδασκαλίας μαθημάτων εκκλησιαστικής ειδίκευσης, όπως Εικονογραφία, Εκκλησιαστική Μουσική, λαμβάνουν εξειδικευμένες γνώσεις.
Επίσης, τα Εκκλησιαστικά Γυμνάσια και τα Γενικά Εκκλησιαστικά Λύκεια συμμετέχουν στους ελληνικούς και διεθνείς διαγωνισμούς, τις δραστηριότητες, τα Προγράμματα (ευρωπαϊκά και μη), τις εκδηλώσεις και τις εκπαιδευτικές επισκέψεις στην Ελλάδα και στο εξωτερικό, λειτουργία ομίλων, αδελφοποιήσεις σχολείων που προβλέπονται από την κείμενη νομοθεσία για τα σχολεία της Γενικής Δευτεροβάθμιας Εκπαίδευσης.
Ως προς τους τίτλους σπουδών, στους αποφοίτους των Εκκλησιαστικών Γυμνασίων και Γενικών Εκκλησιαστικών Λυκείων χορηγείται, αντιστοίχως, απολυτήριο ισότιμο με αυτό των Γυμνασίων και των Γενικών Λυκείων της δημόσιας Δευτεροβάθμιας εκπαίδευσης. Οι κάτοχοι απολυτηρίου Γενικού Εκκλησιαστικού Λυκείου έχουν δικαίωμα συμμετοχής στο σύστημα εισαγωγής στην ανώτατη εκπαίδευση με τους ίδιους όρους, τις προϋποθέσεις και τη δυνατότητα πρόσβασης σε Σχολές και Τμήματα που ισχύουν για τους μαθητές των ημερήσιων Γενικών Λυκείων της δημόσιας Δ/βάθμιας εκπαίδευσης.