Για τους άρρενες μαθητές είναι δυνατή (εφόσον και οι ίδιοι το επιθυμούν και κατόπιν εγκρίσεως από την Εφορεία του Σχολείου) η δωρεάν διαμονή και σίτισή τους στο οικοτροφείο το οποίο βρίσκεται μέσα στη Σχολή. Η επιμέλεια της λειτουργίας του οικοτροφείου είναι στην ευθύνη της Ι.Μ. Αγίου Ιωάννου του Θεολόγου. Μετά το πέρας του προγράμματος των μαθημάτων, υπάρχει ιδιαίτερο πρόγραμμα για τους οικότροφους μαθητές με την παρουσία του επιμελητή του οικοτροφείου.
Σκοπός του οικοτροφείου είναι είναι να προσφέρει στέγη, διατροφή και όλες τις απαραίτητες συνθήκες για υγιεινή διαβίωση και μελέτη σε περιβάλλον οικογενειακής ατμόσφαιρας. Οι μαθητές διαμένουν στους θαλάμους του οικοτροφείου έχοντας τον προσωπικό τους χώρο. Με την οικοτροφειακή ζωή, οι μαθητές σφυρηλατούν αδιάρρηκτους δεσμούς φιλίας που τους συνοδεύουν σε όλη τους τη ζωή. Παράλληλα, κοινωνικοποιούνται και αποκτούν πνεύμα συνεργασίας, αδελφοσύνης και αλληλοϋποστήριξης, υπευθυνότητα, πειθαρχία και σεβασμό σε κοινούς κανόνες, που διαμορφώνουν χαρακτήρα με στοιχεία προσφοράς, συνεργασίας, αλληλεγγύης και αλληλοσεβασμού.
Τηρώντας το καθημερινό πρόγραμμα της Σχολής και του Οικοτροφείου, ασκούνται στην οργάνωση της προσωπικής τους ζωής. Αθλούνται στους χώρους της Σχολής και στον ιδιόκτητο χώρο άθλησης (γήπεδο) που βρίσκεται στη Σκάλα της Πάτμου. Συμμετέχουν ενεργά στις εκδηλώσεις της Σχολής και σε διάφορες άλλες εκδηλώσεις που πραγματοποιούνται κατά καιρούς στην Πάτμο.
Η χορωδία των οικότροφων μαθητών της Σχολής κάθε Κυριακή και εορτή ψάλλει σε διάφορες ενορίες της Πάτμου ή στο Ιερό Σπήλαιο της Αποκαλύψεως.
